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蛋白与金属离子结合计算

发布日期： 2024-11-17 阅读量： 作者： 小编

蛋白与金属离子结合计算

1、蛋白结构准备

1.1 蛋白结构准备，预测的结构如下:

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由拉曼图分析发现，该蛋白结构合理，可以用于分子对接。

1.2 金属离子结构准备

采用MOE2015进行离子结构构建，并赋予电荷，保存为,pdb结构，采用openbabel进行结构转换，转换为pdbat模式

2、分子对接

本研究使用AutoDock4.2软件进行分子对接实验，采用盲对接的方式进行分子对接，方位半柔性。将盒子大小设置为边长为x=70 À，x=64 À，x= 52À，的长方体，设置Spacing步长为1。设置搜寻构象最大限制数为10000，使用遗传算法进行构象采样和打分，根据对接得分进行构象排序挑选最优构象。

3、分析

本研究分析了猪圆环蛋白与金属离子之间的结合模式，概览如下图所示:

PVC2与Ca之间:

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图中表明钙离子与蛋白结合作用不强，

蛋白与Co之间:

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图中紫色为金属Co离子，由图可知该金属离子虽也位于蛋白的loop曲。但未与蛋白之间形成任何相互作用。

蛋白与Cu之间:

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图中紫色为金属Cu离子，由图可知该金属离子虽也位于蛋白的loop曲。但未与蛋白之间形成任何相互作用。

蛋白与Mg之间:

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图中紫色为金属Mn离子，由图可知该金属离子虽也位于蛋白的两个!oop区之间，且与蛋白的ASP127之间形成盐桥作用，使

得蛋白与金属离子结合较强。

蛋白与Mn之间:

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图中紫色为金属Mn离子，由图可知该金属离子虽也位于蛋白的两个!oop区之间，且与蛋白的ASP127之间形成盐桥作用，使得蛋白与金属离子结合较强。

蛋白与Na之间:

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图中紫色为金属Na离子，由图可知该金属离子虽也位于蛋白的两个!0oop区之间，且与蛋白的ASP115及GLU203之间形成电荷及盐桥作用，使得蛋白与金属离子结合较强。

蛋白与Ni之间:

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图中紫色为金属Ni离子，由图可知该金属离子与蛋白之间无任何相互作用。

蛋白与Zn之间:

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图中紫色为金属Zn离子，由图可知该金属离子与蛋白之间无任何相互作用。

各金属离子与蛋白的结合自由能如下表:

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